Entre 1536 e
1821, a Inquisição portuguesa instruiu mais de 55 mil processos: a maior parte
destes estão ainda conservados nos arquivos nacionais de Lisboa. O fundo do
tribunal de Lisboa totaliza 17976 processos, o de Évora 11751 e o de Coimbra
10275; o tribunal de Goa, cujos arquivos foram destruídos em 1816, estava em
16192 processos, quando um levantamento estatístico foi realizado em 1774. Foi
possível determinar a parte do criptojudaísmo para o primeiro século de atividade
inquisitorial: delito de acusação em 83% dos processos de Coimbra e de Évora, e
68% dos processos de Lisboa, foi manifestamente a verdadeira razão de ser do
Santo Ofício português; as outras heresias (bruxaria, cripto-islamismo,
protestantismo, etc.) são marginais em relação a esta. Única exceção, a
Inquisição de Goa estava principalmente preocupada com os hindus mal
convertidos, não correspondendo aí os criptojudeus senão a 9% dos prisioneiros.
Porém, o judaísmo era em toda a parte, mesmo em Goa, o delito mais gravemente
reprimido. Em Évora, os judaizantes representaram 99% dos condenados à morte.
Em Goa, 71% dos supliciados eram acusados de judaísmo.
A missão
essencialmente antijudaica da Inquisição portuguesa, manifesta na sua atividade
e na sua propaganda aquando dos autos-da-fé, era evidente um poderoso fator de
estigmatização dos cristãos-novos enquanto grupo social. Nesse clima de
perseguição, os judeo-portugueses deixaram completamente de ocupar postos na
administração política do reino. Assim se deu igualmente o fim do século de ouro
da ciência neo-cristã. Em 1564, o cardeal infante D. Henrique exigiu a exclusão
dos cristãos-novos do colégio de São Paulo da faculdade de medicina de Coimbra.
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