A entrada da Inquisição em Goa abriu um período de
grande intolerância e de perseguições, que continuaram durante os reinados de
D. João IV, D. Afonso VI e de D. Pedro II (este último, por exemplo, assinou
decretos que incluíam afirmações como esta: «sejam exterminados os
cristãos-novos confessos»). A avaliar pelos registos, o Tribunal de Goa,
comparado com os restantes tribunais portugueses da Inquisição, foi dos mais
activos e mais diligentes na perseguição aos infiéis e gentios (o número de
processados em Goa, sobretudo a partir do século XVII, estava muito acima da
média). Afinal, naquela zona do Índico estava tudo por fazer, havia os judeus,
numerosos em Cochim, por exemplo; havia os muçulmanos, um pouco por toda a
região; havia os hindus, a população maioritária; havia os nativos convertidos,
suspeitos de paganismo ou «gentilidade»; havia os estrangeiros e os viajantes da
religião protestante; e havia ainda o «crime nefando de sodomia», segundo os
inquisidores muito praticado naquelas paragens (por exemplo, o irmão do sultão
de Ormuz foi queimado em Goa pelo crime de sodomia, por ordem de D. Frei Aleixo
de Meneses, arcebispo de Goa e primaz das Índias Orientais entre 1595 e 1610).
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